Spelaren befinner sig i andra världskriget och är B.J. Blazkowicz. B.J. är de allierades bästa agent och måste nu ta sig an fienden. Svärdet som enligt legenden stack i sidan på Jesus har hamnat i nazisternas händer. Det sägs att den som besitter svärdet är oövervinnerlig, så nu måste det återtas från Castle Wolfenstein – av dig! Spear of Destiny är en ny, kommersiell version av spelet Wolfenstein 3D.
