Shao Khan har vunnit. Earthrealm existerar inte längre. För att återuppliva sin drottning Sindel, har kejsaren Shao Khan använt Outworld Tournament från Mortal Kombat 2 som en avledning medan hans Shadow präster återupplivar hans fallna drottning. Därefter kopplar han samman de två världarna med en dimensionell bro så att Khans förintelsearmé kan invadera och förstöra Jorden, och underkuva befolkningens själar. Ett litet team av RAIDENs utvalda krigare överlever attacken: Mortal Kombat-mästaren Liu Kang och hans allierade Kung Lao, Special Forces-agenter Sonya Blade och JAX, och andra. Det är nu deras uppgift att rädda världen.
Mortal Kombat 3 är det sista traditionella en-mot-en stridsspelet i serien.
